Выставила счет без НДС (т.к. у нас упрощенка,) а клиент оплатил с учетом НДС ту же сумму, что делать?

Но документы на реализацию (акт, накладные, счет-фактуры) вы же выпишите без НДС. Попросите у них письмо к платежному поручению об ошибке.Если же документы выпишите с НДС, то придется составить Декларацию по НДС и заплатить налог.