Налог на добавленную стоимость

Налог на добавленную стоимость заключаем гос контракт на поставку мед оборудования. заказчик прописывает сумму контракта и пишет "в том числе ндс". но у нас только несколько позиций облагаются ндс, но точную сумму еще не знаем т.к. еще не закупили позиции с ндс. может ли налоговая в итоге взыскать ндс со всей суммы контракта? хотя согласно постановлению правительства наше оборудование не освобождается от ндс. предложили прописать "в том числе ндс на определенные позиции", но заказчик отказывается. это правильно? или пахнет махинацией что заказчик может нажиться на возмещении? я имела в виду что освобождается от ндс