Какую стоимость писать в договоре купли-продажи?

Если вы продаете машину (движимое имущество), которая находилась в вашей собственности более 3-х лет, то доход от ее продажи не подлежит налогообложению, независимо от его размера (цены, указанной в договоре купли-продажи) - см. п. 17.1 ст. 217 нк рф.
если же движимое имущество (в т. ч. и автомашина) находилась собственности налогоплательщика менее 3-х лет трех, то он имеет право на налоговый вычет в размере доходов от продажи этого имущества, но не более 250 тыс. руб. - см. п. п. 1 п. 1 и п. п. 1 п. 2 ст. 220 нк рф.
так что раз вы планируете указывать в договоре купли-продажи своей машины указывать цену (доход) менее 250 тыс. руб., то налогооблагаемого дохода у вас не будет и платить налог (ндфл) вам не придется, но... для этого декларацию о доходах (по форме 3-ндфл) вам придется в налоговую подать.
и сделать это придется не позднее 30 апреля года, следующего за годом продажи...
удачи.