Если я купил джинсы за 1.000 рублей, а продал за 1.500, то с какой суммы я должен заплатить налог по "упрощенке" 6% ?

С 1500.
доход в данном случае (усн 6%) это то, что ты получил в процессе своей деятельности.
с 500 рублей будет взиматься налог только в случае усн 15% "доходы минус расходы". и то с оговорочками, если штанцы ты с ндс купишь. если без ндс, то чисто 500 будет.