Договор по найму сотрудника, подскажите насчет ндфл)

Не совсем понятно, что вы подразумеваете под временным договором. давайте разберемся.
трудовой договор, как правило, заключается на неопределенный срок (заключать временные трудовые договоры разрешено в строго ограниченных случаях) и подразумевает работу в соответствии с установленным трудовым распорядком (например, с 9 до 18). договор подряда - договор на выполнение конкретного вида работ, в таком договоре не важно, приходите вы на "рабочее место" или нет и как часто, важно достичь того результата, который указан в договоре в установленные в договоре сроки. договор подряда - разовый договор на определенную работу.
это я немного поумничал здесь. а теперь к поставленному вами вопросу.
в любом случае, трудовой ли или гражданско-правовой (например, подряда) договор, работодатель (заказчик - в договоре подряда), если он является организацией или индивидуальным предпринимателем обязан из суммы заработной платы (вознаграждения) исчислить, удержать и уплатить в бюджет 13% налога на доходы физических лиц. иными словами, если в вашем договоре указано вознаграждение за работу 100 рублей, то на руки вы получите только 87 рублей, поскольку работодатель (заказчик) удержит из вашего дохода ндфл.