Мама подарила а/м за 900 000, но дочь до истечения 3 лет продала а\м за 600 000, должна ли дочь платить налог 13% ?

Должна.
так как машина перед продаже была менее 3-х лет в собственности дочери, то сделка продажи от налогов не освобождается. у дочери возникает обязанность представить декларацию и исчислить налог.
стоимость машины первоначально в данном случае значения не имеет, так как машина дочерью не куплена, а получена по безвозмездной сделке - в подарок. поэтому с точки зрения закона дочь для приобретения машины никаких расходов, которые могли бы быть учтены, не понесла.
так что она может применить только один вычет - на продажу прочего имущества в фиксированной сумме 250 тыс руб.
соответственно, налог составит (600 - 250) х 13 % = 45,5 тыс. руб.