Надо ли будет платить налог с продажи квартиры менее 3 лет, если продавать будем через ипотеку.

В соответствии с подп. 2 п. 2 ст. 220 нк рф, при определении размера налоговой базы по ндфл налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
если вы продаете имущество по той же цене, по которой приобрели его, то разница у вас получается нулевая, и, соответственно, ндфл с этой разницы вы уплачивать не должны.

нужно будет сдать декларацию в ифнс.

есть ещё вариант-указать в дкп цену до миллиона рублей.