Есть переплата по ндс и недоимки по единому налогу,минимальному налогу по усн и налогу с продаж.как сделать зачет.

Никак. зачеты возможны между налогами только одного типа: федеральные в федеральные, региональные в региональные, местные - в местные. ндс - налог федеральный, следовательно, переплату по нему можно зачесть только в федеральные налоги. в вашем перечне недоимок федеральных налогов нет: налог с продаж - региональный, единый и минимальный - специальные налоговые режимы.