Что будет, если налоговая узнает,что я сдаю квартиру более 3 лет и не плачу налоги?

В первую очередь им придется доказать, что Вы действительно сдаете эту квартиру. Если Вы никому не давали никаких документов про оплату аренды жилья и не заключили никакого договора, то скорее всего с Вас и спроса никакого. Максимум, что она сможет нарыть - это показания свидетелей (которые, кстати, могут быть недостоверны), но это уже будет доказательством на усмотрение суда. Также налоговая должна будет доказать какую именно сумму аренды Вы брали и уже на нее насчитывать подоходный налог и сумму штрафа. А пока у Вас презумпция невиновности.