Акт приема передачи оформлять отдельно или указать в договоре как приложение 1?

Если этот акт сопровождает заключение договора, то можно делать приложением к договору.
а можно и отдельно подписать. потому что большинство договоров является консенсуальными, то есть, устанавливают обязательства сторон, а акт приема-передачи выступает, как подтверждение исполнения одного из обязательств. у него может быть другая дата, нежели в договоре.
если этим актом завершается договор - то не приложением, а отдельно.