Подскажите пожалуйста, если нам должен фгуп, который банкротиться, должно ли за долги фгуп ответить казначейство рф?

Казначейство тут вообще ни с какого боку.
однако, по общему правилу при банкротстве юридического лица к субсидиарной ответственности по его долгам могут быть привлечены лица, контролирующие организацию-банкрота. если удастся доказать, что действия данных лиц привели к банкротству. это, как правило, директор и учредители.
учредителем фгуп является российская федерация в лице либо росимущества, либо высшего органа исполнительной власти, курирующего отрасль, в которой действует фгуп.