Налоговый вычет на имущество

По налогу на имущество налоговые вычеты по п. п. 3-6 ст. 403 нк рф налоговая самост. применяет в соотв .с законом при определении налоговой базы.
на эти вычеты "подавать" не надо.
а вот по налог. льготам по налогу на имущество по ст. 407 нк рф физлицо должно подать соответств. заявление в налоговую и документы, подтверждающие право налогоплательщика на налоговую льготу.
-------
может вы обратились в налоговую с заявлением о льготе по ст. 407 нк рф позже, не с даты возникновения прав на льготу и образоввлвсь у вас переплата.
"в случае обращения с заявлением о предоставлении льготы по уплате налога перерасчет суммы налогов производится не более чем за три налоговых периода, предшествующих календарному году обращения, но не ранее даты возникновения у налогоплательщика права на налоговую льготу (п. 6 ст. 408 нк рф).

для возврата излишне уплаченного налога налогоплательщик представляет в налоговый орган письменное заявление.

решение о возврате суммы излишне уплаченного налога должно быть принято налоговым органом в течение 10 рабочих дней со дня получения такого заявления. затем в течение пяти рабочих дней налогоплательщику направляется сообщение о принятом решении. возврат налога должен быть произведен в месячный срок со дня получения указанного выше заявления (п. 6 ст. 6.1, п. п. 6, 8, 9 ст. 78 нк рф)."
http://azbuka.consultant.ru/cons_doc_pbi_212396/
---------------
что вы там куда на каком основнии подавали, из вашего вопроса непонятно.
может вообще вы имели в виду налог. вычет по ст. 220 нк рф (покупка жилого помещения).