У человека 2 квартирки - однушки.. у каждой свой инн, и по неизвестной причине налог приходит лишь за одну квартиру..

Инн - это индивидуальный номер налогоплательщика. он может быть только один - единственный и на всю жизнь.
проблема в том, что присваивается инн по данным из нескольких источников. так, человека могут поставить на учет:
- по месту жительства,
- по месту нахождения недвижимости.
если это два разных адреса (причем принадлежащих разным налоговым органам), то вполне может возникнуть ситуация, когда инн присваивается дважды. также возможно, что паспортные данные владельца одной и второй квартиры на момент оформления собственности в разные годы отличались или в одном из случаев его фамилия была записана не совсем верно, - тогда в базах данных налоговиков возник "двойник", вычислить которого довольно сложно. если постановка на учет происходила давно (лет десять назад), то такое очень даже возможно.
иными словами: этот человек в базе данных числится дважды, видимо, в разных налоговых инспекциях и его данные в записях чем-то различаются, что не позволяет ошибку исправить.

этому человеку желательно с документами вместе наведаться в свою налоговую - по месту собственной регистрации по месту жительства. ему необходимо:
- сообщить о наличии двух инн - налоговая один из них признает недействительным и "двойников" сольет в одного налогоплательщика,
- сообщать, что налоги за квартиры ему не приходят (вопрос с уплатой налогов тут будет решаться в зависимости от того, по какой причине не приходят, т. е. начислялись ли они вообще, на какой адрес направлялись и т. п.).
кстати, успокаиваться по поводу "не пришли налоги - и ладно" не надо: сейчас налогоплательщики обязаны сообщать о наличии у них собственности, в отношении которой не получают налоговых уведомлений. с этого года там и штрафы предусмотрены.
так что надо разбираться непосредственно