В 2016 году купил квартиру за 1000000 рублей. в 2016 продал за 1000000 рублей.

1. ваша первая обязанность - предоставить до 02.05.2017 (включительно) налоговую декларацию формы 3-ндфл и отразить в ней продажу.
2. для оценки суммы налога ваших данных недостаточно: нужно знать кадастровую стоимость квартиры.
если кадастровая стоимость меньше 1,4 млн. руб., то в качестве дохода от продажи можно взять сумму в 1 млн. руб. (за которую вы фактически квартиру продали). облагаемый доход в этом случае отсутствует (1 - 1 = 0) и налог платить не нужно.
если же кадастровая стоимость квартиры выше 1,4 млн. руб., то в качестве дохода от продажи придется отражать не то, что в договоре написано, а кадастр х 0,7 и налог составит 13 % с разницы между кадастровой стоимостью. умноженной на 0,7, и вычетом на продажу в 1 млн. руб.
3. у вас есть право в той же декларации заявить вычет на приобретение этой квартиры в размере 1 млн. руб. и произвести расчет налог с его учетом. тот факт, что квартира, по которой вычет заявляется, уже продана, на право получить этот вычет не влияет.