Имеет ли право генеральный директор ооо подписывать документ платежный за главного бухгалтера?

Руководитель экономического субъекта (кроме субъекта малого и среднего предпринимательства), за исключением кредитной организации, обязан возложить ведение бухгалтерского учета на главного бухгалтера или иное должностное лицо этого субъекта либо заключить договор об оказании услуг по ведению бухгалтерского учета (ч. 3 ст. 7 федерального закона от 06.12.2011 n 402-фз "о бухгалтерском учете" (далее - закон n 402-фз)). соответственно, руководители организаций (кроме субъектов малого и среднего предпринимательства) не вправе возлагать на себя ведение бухгалтерского учета (в том числе частично).

если речь в вашем вопросе про малый и средний бизнес, то всё легально.