Ип не подал заявление на усн, налоговая требует уплату ндс.

Не вижу шансов.
выбор усн носит уведомительный характер, т. е. на плательщике лежит обязанность уведомить налоговый орган о том, что он будет применять усн. соответственно, отсутствие такого уведомления не дает налогоплательщику права применять данную систему. оно (отсутствие уведомления по усн, отсутствие заявления на енвд или патент) означает общие правила - общую систему налогообложения с обязанностью отчитываться по ндс и ндфл (и уплачивать эти налоги при наличии доходов).

так что совершенно правомерно с вас требуют отчетность и оплату налога. тем более, что доходы, им облагаемые, были.
оплата усн (другого налога), тот факт, что налоговики не заблокировали вам счет раньше (не воспользовались по какой-то причине этим правом) вас от обязанности платить ндс на общей системе ну никак не освобождают.

то, что вы хотели использовать усн, и то, что вы такое уведомление подали в августе, ничего не меняют.
порядок перехода на усн прямо предписан статьей 346.13 налогового кодекса рф (пункты 1 и 2). там ясно сказано, что:
- вновь зарегистрированный ип должен уведомить о переходе на усн в течение 30 каленарных дней с момента регистрации (что вы не сделали - то есть использовать эту систему в этом году уже не имели)
- работающие ип о переходе на усн сообщают до 31 декабря года, предшествующего переходу (соответственно, ваше уведомление в августе позволяет перейти на усн только со следующего года, а не сейчас и посреди года).

если вас смущает тот факт, что налоговая потребовала уплаты ндс только сейчас, а не в момент предоставления вами нулевых деклараций или еще раньше, объясняется очень просто.
инспекция проводит контрольные мероприятия только, имея на это основания.
причин для выездной проверки не было, т. е. проверить вашу деятельность в рамках такой проверки невозможно.
зато было установлено, что вы на общей системе налогообложения не отчитыватесь - с вас и попросили исполнения обязанности по предоставлению деклараций. далее началась камеральная проверка этих деклараций (вести ее, не имея деклараций, по сути невозможно). такая проверка идет 3 месяца и уже в ее ходе налоговый орган имеет право запрашивать документы и проверять счета. так что в ходе проверки было установлено, что доход у вас был (а вы ноль показали) - на этом основании делается начисление налога (которое вы сами не сделали).
так что тут никаких нарушений со стороны инспекции не усматриваю.
но права оспаривать решения фнс у вас, конечно, никто не отбирает: считатет, что нарушений с вашей стороны не было - оспаривайте.