Может ли налоговая сама закрыть ИП, если он не работает и много лет не отчитывается. Но есть долги по налоговой.

Не может. Во-первых, никакого заявления о приостановлении деятельности не предусмотрено действующим законодательством. Во-вторых, в любой момент можно подать заявление о прекращении предпринимательской деятельности, отказа в регистрации прекращения не будет, но это инициирует действия ИФНС, проверять и привлекать к ответственности они могут еще три года после исключения из госреестра. Письмо Федеральной налоговой службы от 22 сентября 2010 г. N ШС-37-3/11731 "прекращение физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя не является обстоятельством, которое влечет прекращение возникшей от осуществления такой деятельности обязанности по уплате налога. Учитывая изложенное в случае прекращения деятельности в качестве индивидуального предпринимателя у физического лица сохраняется обязанность представления налоговых деклараций и уплаты налогов за тот период, в котором он осуществлял свою деятельность в качестве индивидуального предпринимателя".