Если я при покупке нежилого фонда заплатила ндс, при продаже опять я должна платить если сумма не превышает закупочной.

Вы путаете налоги. ндс - это налог на добавленную стоимость и его платят только организации. при продаже имущества физические лица платят налог на доходы.
срок 5 лет относится только к жилой недвижимости. а с нежилой вы должны подать декларацию 3-ндфл и указать стоимость покупки и стоимость продажи с приложением подтверждающих документов.
с разницы платите налог на доходы 13%.
если не превышает стоимость покупки, то налог не платите, но декларацию подать обязаны и приложить копии документов обеих сделок.