Могут ли наложить штраф от 300 000 на ооо, которое никогда не работало, но его возраст 3 года, 2 из которых...

Два года фонды и налоговая не реагировали! где же они все были!?
думаю, что у вас есть отягчающее обстоятельство - это длительное не предоставление отчетности. но это нельзя расценить как наступление уголовной ответственности.

требуемую отчетность предоставьте в налоговую и в фонды.
если у фирмы не было доходов и начислений в пользу сотрудников, то штрафы будут не столь велики. к административной ответственности привлекут как общество, так и его директора. о размерах трудно сказать, но можно ориентироваться на минимальные размеры.

обязательно заплатите транспортный налог и пени по нему. займитесь снятием авто с учёта в гаи (чтобы не было начислений по транспортному налогу).