В2012 году купила квартиру у брата. налоговая отказывается возвращать 13% почему?

Потому что вычет вам признали незаконно и право на него вы не имели и не имеете.
с 2012 года в состав налогового кодекса введена статья 105.1 "взаимозависимые лица", т. е. понятие лиц, отношения между которыми могут отказывать влияние на сделки. в перечне таких лиц присутствуют братья и сестры. статья же 220 нк рф прямо указывает, что имущественные вычеты не предоставляются, если сделка купли-продажи заключена между взаимозависимыми лицами (пункт 5 этой статьи).
так что права на вычет на приобретение этой квартиры вы не имеете, так как сделка была заключена между братом и сестрой, а эти родственники в соответствии с п. 2 ст. 105.1 нк рф являются взаимозависимыми. при этом тот факт, что сделка была реальной и фактически деньги действительно уплачивались (и форма этой уплаты) не имеют значения.

поэтому и последовал отказ. кстати, законный.
вы, естественно, имеете право его оспорить. но шансов на положительный для вас исход, прямо скажем, немного.
предоставление вам вычета в предыдущих периодах - не аргумент. налоговый инспектор тоже может ошибаться и неверно трактовать положения закона. за это он, кстати, вполне может быть наказан, особенно если ошибка всплыла в период аудиторской проверки (что, похоже, и произошло).
но ошибка государственного служащего не отменяет того факта, что вычет вы получали незаконно. в скором времени, полагаю, возникнет еще и требование налоговиков о возврате полученных из бюджета средств.
оспаривайте - это право у вас никто не отбирает.