Как заплатить транспортный налог только за последние три года ?

В приходящих квитанциях имеются либо сроки уплаты (обратите внимание на это поле), либо (если квитанция пришла к требованию) - ссылка на номер и дату требования. так что если платеж провести именно по квитанции (не через безликий терминал, а через оператора, или строго по штрих-коду (индексу)), то платеж свяжется именно с конкретным начислением - годом.
вариант номер два: платите конкретную сумму и пишите заявление в налоговую инспекцию. текст простенький (произвольный): "прошу уплату налога в сумме.... по квитанции от ...считать платежом за... год".
такое заявление обязаны отработать в течение месяца, а вам прислать решение об уточнении платежа (либо дать письменный ответ другого вида). по нему конкретный платеж будут учитывать за тот период, который вы указываете и никак иначе.

что касается долгов более раннего периода, то тут надо разбираться в суммах. основаниях для начисления и датах определенных этапов взыскания.