Налоговая, суд, пристав.

Начало уже хорошее "какие-то реестры... " - так какие конкретно? что именно было не исполнено? от этого нужно начинать плясать!
обязанности по представлению деклараций и расчетов каждый ип обязан выполнять самостоятельно, не ожидая "уведомлений". представлять дополнительные документы (например, пояснения, какую-то первичку и т. п.) ип должен по запросу, причём срок исполнения такого запроса очень короток.
за нарушение сроков в любом варианте положено наказание - штраф.
все эти вещи оформляются специальными актами и решениями. их должны были вам направить. если нарушение налоговое, то его взыскивают: направляют требование, потом - приостанавливают операции по счетам, потом (без всякого суда, он тут не нужен) - отдают для взыскания судебным приставам.
если нарушение административное - вам должны были направить сначала приглашение, а потом - протокол о нарушении.
суд должен был известить о назначении рассмотрения дела и направить копию своего решения, судебного приказа или исполнительного листа.
пристав, начав дело, должен был направить копию решения о возбуждении исполнительного производства...

слабо верится, что все эти инстанции просто специально взяли и проигнорировали требование о вашем информировании об этапах дела. тем более суд.
всё направляется письмами, причём заказными. а они, кстати, считаются полученными через шесть рабочих дней после отправки; в суде - человек считается проинформированным, даже если заказного письма он не получил, скажем по причине "пропущен срок хранения" или "по адресу отсутствует".
на практике такое тотальное неведение возможно только в случаях, когда человек не проживает фактически по адресу прописки - ведь все письма с извещениями, запросами и уведомлениями идут именно туда, по постоянной регистрации - тому адресу, который в егрип. либо адрес менялся на каком-то этапе процесса или незадолго до его начала.
вариант второй - игнорирование писем. не разобрался, не понял, что прочитал, от слова "налоговая" на конверте впал в ступор - бывает и такое.
вариант третий - не пошел получать заказное письмо. по любой причине. иногда (в экзотических случаях) почта может не приносить уведомления о заказных письмах, но тогда и с другими письмами-сообщениями должна быть проблема. она есть?