Подоходный налог (13%) вычли два раза, что можно предъявить компании, это наказуемо?

За предыдущий год компания вам переплату не вернет. ндфл собирает налоговая, а компания выступает лишь ее агентом вам надо взять в бухгалтерии 2 ндфл, еще раз проверить правильность. и сдать декларацию 3ндфл в налоговую. и в течение месяца на вашу карту или что вы там укажете в заявлении вам придет возврат ндфл.
за текущий год - другое дело! настаивайте! пусть ищут ошибку и возвращают!