Если фирма расплатилась за товар векселем, это считается операцией с ценными бумагами? разве это должно быть указано...

Нельзя расплатиться векселем с точки зрения юриспруденции.

так говорят только неграмотные манагеры и бухгалтера.

к операциям с ценными бумагами (фз "о рынке ценных бумаг") векселя не имеют никакого отношения. для их выдачи, погашения, купли-продажи не требуются каких-либо отдельных упоминаний в уставе, разрешений, лицензий и т. п. при условии, что речь идет о коммерческой организации естественно.