Что будет, если не сообщить в налоговую об изменении расчетного счета организации? они всё равно узнают?

Отправляйте уведомление почтой. сейчас в налоговых "жаркое" время, время сдачи деклараций. во первых могут просто не заметить сроки. если все же решат штрафовать, то в начале должны пригласить на рассмотрение акта, об обнаружении факто свидетельствующих о нарушении законодательства. придя на рассмотрение ссылайтесь на ч.1 п.3 ст. 112 нк рф. иные обстоятельства например совершение правонарушения впервые, отсутствие тяжелых последствий для бюджета и т.д. на практике максиму предупреждение.