У меня свое ИП работаю 2 года. Имеет ли право налоговая проверять меня. Слышал, что в течение 3 лет они не проверяют ИП.

Имеют. Законом (статья 89 Налогового кодекса) установлено, что выездная проверка не может проводится более, чем за три предыдущих года. Но это означает всего лишь, что при проверке, например в этом году, проверяющие могут проверить лишь 2012,2011 и 2010 год, а в 2009-ый "полезть" не имеют право. Так что "правило трех лет" никак не значит, что проверять налогоплательщика можно только раз в три года или что первые три года работы для проверок "неприкосновенны" - можно и раньше и чаще, главное, чтобы проверяемые периоды не перекрывались.