Я индивидуальный предприниматель и одновременно работаю в государственной организации.

Никакого пенсионного страхового налога нет в природе. С одном случае вы обязаны платить налоги со всех видов дохода (они перечислены в Налоговом кодексе как для индивидуального предпринимателя), и взносить страховые взносы за своих сотрудников не из их зарплаты. В случае, когда вы наемный работник в госструктуре, пенсионные взносы платит ваш работодатель без вашего участия, как и отчисляет налоги с начисленных сумм. Это не ваш вопрос, а его. Но в государственной организации вы должны обязательно заявить, что вы зарегистрированы как ИП, отсюда они будут действовать. Если будут разногласия по суммам и порядку налогообложения - позвоните в свою районную налоговую инспекцию, они скажут, какую вам нужно подавать и когда декларацию и в каком случае. Только им надо объяснить всё, как на духу. Где и числитесь и где на каком основании работаете (чтоб с вас лишнего не удержали).