Влияет ли на количество работников,работающих по договору подряда при выборе способа налогообложения?

Не считается общее количество. Считается средняя численность работников. Это не одно и то же. Посмотреть число можно в статотчётности форма N П-4 "Сведения о численности, заработной плате и движении работников". Приказ Росстата от 12.11.2008 N 278. Приказом утверждены указания по заполнению форм. Там есть порядок расчёта и среднесписочной численности, и средней численности внешних совместителей и средней численности работников (включая иностранных граждан), выполнявших работу по договорам гражданско-правового характера. Средняя численность считается и по списочным работникам, и по совместителям, и по подрядчикам (кроме ИП). Суммируются средние величины за каждый месяц с января по сентябрь, полученная величина делится на девять. Именно это значение указывается в заявлении о переходе на УСН. Как видите, это не общее количество, а средняя численность. Даже если средняя численность за 9 месяцев превышает 100 человек, вы вправе перейти на УСН. Но применять спецрежим сможете, если средняя численность работников уменьшится и к концу года составит не более 100 человек (Письмо Минфина России от 25 ноября 2009 г. N 03-11-06/2/248). То есть у коммерсанта есть время до конца года, чтобы уволить часть сотрудников и уложиться в ограничение. В 2011 вроде бы ничего не поменялось.